微生物是一類個體微小、結構簡單的生物統稱，需借助顯微鏡才能觀察，涵蓋細菌、真菌、病毒、原生生物等多個類群，廣泛存在于自然界及生物體內。
不同類群的微生物在結構、營養方式和功能上差異顯著，常見分類如下：
細菌：單細胞原核生物，無成形細胞核，根據形態可分為球菌、桿菌、螺旋菌。部分細菌能合成抗生素（如青霉素產生菌），部分則可能引發疾病（如大腸桿菌 O157:H7）。
真菌：真核生物，包括酵母菌（單細胞）和霉菌（多細胞，如青霉菌）。可用于發酵食品（如酵母菌釀酒）、生產酶制劑，也有部分會導致動植物病害（如小麥銹病）。
病毒：無細胞結構，僅由核酸和蛋白質外殼組成，需寄生在活細胞內才能繁殖。部分病毒可引發人類疾病（如流感病毒），也可用于基因治療或噬菌體療法。
原生生物：單細胞真核生物，如草履蟲、瘧原蟲。多數生活在水體中，既是生態系統的分解者，也有部分會導致寄生蟲病（如瘧原蟲引發瘧疾）。
微生物雖微小，但在生態系統和人類生產生活中發揮著關鍵作用：
