細菌是最常見的微生物類群，屬于原核生物（無成形的細胞核，遺傳物質集中在擬核區），單細胞結構，形態多樣，主要分為球菌、桿菌、螺旋菌三大類，此外還有弧菌、梭菌等特殊形態。
1. 基本結構：細胞壁（保護細胞、維持形態）、細胞膜（控制物質進出）、擬核（含環狀DNA，是遺傳物質的主要載體）、細胞質（含核糖體，用于合成蛋白質），部分細菌還具有莢膜（保護細菌，增強抵抗力）、鞭毛（用于運動）、芽孢（細菌的休眠體，耐高溫、耐干燥，條件適宜時可萌發為正常細菌）。
2. 營養方式：多數為異養型，需從外界獲取有機物作為營養來源；少數為自養型，如藍細菌（藍藻）可通過光合作用合成有機物，硝化細菌可通過化能合成作用合成有機物。
3. 繁殖方式：主要為二分裂繁殖，繁殖速度快，部分細菌可通過接合生殖（細菌之間通過性菌毛傳遞遺傳物質）實現基因重組，增強適應性。
4. 常見種類及作用：
有益細菌：乳酸菌（用于制作酸奶、泡菜，分解乳糖產生乳酸，改善食品風味，同時抑制有害菌生長）、雙歧桿菌（人體腸道有益菌，調節腸道菌群平衡，促進消化吸收，增強免疫力）、大腸桿菌（正常情況下寄生在人體腸道，幫助合成維生素B族，部分菌株（如O157:H7）為致病菌）、根瘤菌（與豆科植物共生，固定空氣中的氮氣，轉化為植物可吸收的氮素養分，改良土壤）、放線菌（雖單獨分類，但與細菌親緣關系密切，用于生產抗生素，如鏈霉菌生產鏈霉素）。
致病細菌：沙門氏菌（常見食源性致病菌，污染肉類、蛋類、乳制品，食用后引發腸胃炎，出現腹痛、腹瀉、嘔吐等癥狀）、金黃色葡萄球菌（污染食品后產生毒素，引發食物中毒，還可導致皮膚感染、肺炎等）、幽門螺桿菌（寄生在人體胃黏膜，可引發胃炎、胃潰瘍、胃癌等疾病）、結核分枝桿菌（引發肺結核，通過呼吸道傳播）、鏈球菌（引發扁桃體炎、猩紅熱、風濕熱等）。
真菌屬于真核生物（有成形的細胞核），分為單細胞真菌（酵母菌）和多細胞真菌（霉菌、大型真菌），細胞結構包括細胞壁（主要成分為幾丁質，與植物細胞壁的纖維素不同）、細胞膜、細胞核、細胞質（含多種細胞器，如線粒體、核糖體、內質網等）。
1. 營養方式：均為異養型，無法自身合成有機物，需從外界獲取營養，分為腐生（分解動植物遺體、排泄物獲取營養，如霉菌、蘑菇）、寄生（寄生在動植物體內，獲取營養，如白色念珠菌）、共生（與其他生物共生，如地衣是真菌與藻類的共生體）。
2. 繁殖方式：分為無性繁殖和有性繁殖。無性繁殖包括出芽生殖（酵母菌）、孢子生殖（霉菌、蘑菇，產生孢子，孢子萌發形成新個體）；有性繁殖通過配子結合形成合子，再發育為新個體，增強物種的適應性。
3. 常見種類及作用：
酵母菌：單細胞真菌，呈圓形或橢圓形，常用于食品發酵，如釀酒（分解葡萄糖產生酒精和二氧化碳）、制作面包、饅頭（二氧化碳使面團膨脹），同時也是模式生物，用于生物學研究，部分酵母菌（如白色念珠菌）可引發人體感染（如鵝口瘡、陰道炎）。
霉菌：多細胞真菌，由菌絲組成（分為營養菌絲和氣生菌絲），常見的有青霉菌、曲霉菌、毛霉菌。青霉菌可產生青霉素（第一種抗生素，用于治療細菌感染）；曲霉菌用于制作醬油、腐乳，部分曲霉菌（如黃曲霉菌）會產生黃曲霉毒素（強致癌物質，污染糧食、油料作物，食用后危害人體健康）；毛霉菌可用于制作腐乳、豆豉，也可能導致食品霉變，引發中毒。
大型真菌：多細胞真菌，子實體可肉眼觀察，如蘑菇、香菇、金針菇、木耳等，多為腐生，可食用，富含蛋白質、膳食纖維等營養物質，部分大型真菌（如靈芝、冬蟲夏草）具有藥用價值，可增強免疫力；少數大型真菌（如毒蘑菇）含有毒素，食用后會引發中毒，甚至危及生命。
病毒是一類無細胞結構的微生物，也是最小的微生物，僅由核酸（DNA或RNA，二者只能有一種）和蛋白質外殼（衣殼）組成，部分病毒還具有包膜（由宿主細胞膜衍生而來）。病毒無法獨立完成生命活動，必須寄生在活細胞內，利用宿主細胞的代謝系統進行增殖，離開活細胞后會處于休眠狀態，無法繁殖。
1. 結構特點：無細胞壁、細胞膜、細胞核等細胞結構，核心是核酸（遺傳物質），外殼是蛋白質，包膜上有糖蛋白，可幫助病毒識別并吸附宿主細胞。
2. 增殖方式：分為吸附、侵入、脫殼、生物合成、組裝、釋放六個步驟。病毒首先吸附到宿主細胞表面，然后侵入宿主細胞，脫去蛋白質外殼，釋放核酸，利用宿主細胞的核糖體、原料等合成病毒的核酸和蛋白質，再組裝成新的病毒顆粒，最后釋放到宿主細胞外，繼續感染其