供試品通過智能集菌儀的定向蠕動加壓作用，實施正壓過濾器并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌。供試品通過進樣管道連續被注入智能集菌培養器中，利用集菌培養器內形成的下壓，通過微孔濾膜過濾，供試品中可能存在的微生物被截留收集在濾膜上，通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。然后把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中，放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。
集菌儀操作說明：
1. 取出培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開塑料包裝袋。
2. 將培養器逐個插放在不銹鋼座上。
3. 將集菌培養器的彈性軟管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順暢。
4.
5. 拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，開啟集菌儀，實施過濾集菌(應避免雙芯針管進
氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣)。
6. 完成集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典 規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
7. 消毒培養基瓶插針孔處。
8. 摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，套在培養器底口上，用軟管夾子，依次開閉軟管，開啟集菌儀，將培養基泵入指定的培養器內。
9. 用夾片夾閉與培養器連接部的軟管，留下5～6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣過濾器開口上。
10. 分別按規定進行培養。
11. 觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注
集菌儀的用處：廣泛適用于注射用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌注射用水等，也可用于食品、飲料行業等微生物限度檢查